القصّة تتمحور حول ميوتو ” البوكيمون الأسطوري “ ، والجينيسيكت ” البوكيمونات المنقرضة “ حيث يعود الجينسيكت لهذا العالم في مسعاهم لإيجاد موطنهم، يلتقي ساتوشي مع أحد الجينيسيكت ويعده بأن يُعيده لموطنه ، لكن الجينيسيكت الآخرون بدؤوا بالهجوم على الجميع وهم يعتبرون أيّ شخص عدواً، في الجانب الآخر يصل ميوتو إلى أرض المعركة في مسعاه لإنقاذ البوكيمونات ويصطدم بالجينيسيكت ويكتشف أنّ بينه وبينهم عامل مشترك فما هو ؟ وما الخطر المحدق بعالم البوكيمونات بعد هجوم الجينسيكت؟