رقم 6، هي المدينة المثالية والمستقبلية واحدة من أهم المدن الزاخرة بالعلوم الحديثة حيث الشوارع تعم بالأمان و بأجواء السعادة أو على الأقل هذا ما يبدو في الخارج! القصة تبدأ في عام 2013، الفتى شيون طالب ذكي ومجتهد اختير وهو مازال في الثانية من عمره ليكون واحد من النخبة ذو مستقبل واعد يعيش في المدينة رقم 6 في منطقة خاصة, وفي يوم ميلاده 12 ، يتسلل إلى غرفته فتى غريب، وهو مصاب، وقال بأن اسمه نيزومي فيقوم شيون بعلاجه، بالرغم من معرفته بأن هذا مخالف للقوانين و للقَسم الذي ألقاه, لكن شيون علما أن ما فعله يعتبر مخالفاً وقد خسر مؤهله ومنحته للدخول للمعهد الذي كان من سيلتحق به وهنا تبدا المشاكل والأحداث.