قصة الفيلم تدور حول جوهرة تدعى سيدة السماء، التي يحاول كايتو كيد سرقتها. هذه الجوهرة وضعها جيروكيشي عم سونوكو في أكبر منطاد في العالم متحديًا كيد بسرقتها. في نفس المنطاد يتواجد كل من،كونان و ران موري، توغوروموري والبقية والذين يحضرون هناك بدعوة من سونوكو صديقة ران. ولكن فجأة يختطف المنطاد من قبل جماعة إرهابية تدعى شامو-نيكو الحمراء التي سرقت أحد الأمراض البيولوجية ولا أحد يعرف أهدافها.فيشتد الصراع وتلتهب الأحداث