في عام 2199، تواجه الأرض أكبر أزمة لها بعد حروب طويلة ضد إمبراطورية غاميلاس وأصبحت حياة البشر في خطر على سطح الأرض بسبب التلوث الإشعاعي الذي خلفه، تم إنشاء قوة الدفاع الأرضية ضد إمبراطورية غاميلاس وستكون تحت قيادة الكابتن ذو الخبرة (أوكيتا جووزو)، وبمساعدة دول العالم تم توجيه مصادر الطاقة العالمية لتشغيل سفينة حرب الفضاء ياماتو 2199 لتنطلق هذه السفينة الخارقة وتبدأ رحلة الـ148،000 سنة ضوئية لإنقاذ الأرض وساكنيها.